Pondok Pesantren Bahrul Ulum Tambakberas Jombang, diurus dan dikelola dibawah manajemen YAYASAN PONDOK PESANTREN BAHRUL ULUM sedangkan untuk pengelolaan perguruan tinggi dibentuk YAYASAN PENDIDIKAN TINGGI BAHRUL ULUM. Secara hierarki organisatoris kepengurusan tersebut bisa uraikan sebagai berikut:

1. MAJELIS PENGASUH/DEWAN PEMBINA

Majelis Pengasuh adalah badan tertinggi di lingkungan Pondok Pesantren Bahrul Ulum yang memiliki kewenangan tak terbatas. Kewengan tersebut diantaranya adalah Mengangkat dan memberhentikan Ketua Umum Yayasan, menentukan arah kebijakan pondok pesantren ke dalam dan ke luar, memberikan legalisasi terhadap semua kebijakan-kebijakan yang diambil oleh pengurus harian.

2. DEWAN PENGAWAS

Dewan Pengawas adalah sebuah badan pengurus yang berfungsi sebagai pendamping Majelis Pengasuh dalam hal memberikan masukan dan melakukan pengawasan terhadap kebijakan, kinerja, dan pelaksanaan program-program Yayasan.

3. PENGURUS HARIAN

Pengurus harian adalah pelaksana harian seluruh program-program yayasan yang telah digariskan sekaligus penanggungjawab seluruh kebijakan-kebijakan yang diambil. Pada periode 2009 – 2013 ini pengurusnya terdiri dari 9 orang dengan struktur sebagai berikut : Ketua Umum, Ketua I dan Ketua II, Sekretaris Umum, Sekretaris I Sekretaris II, Bendahara Umum, Bendahara I dan Bendahara II.

Dalam tatanan operasionalnya Ketua Umum dengan dibantu oleh Sekretaris Umum berfungsi sebagai Top Leader, yang bertanggungjawab terhadap seluruh kebijakan-kebijakan umum yayasan. Ketua I dengan dibantu oleh Sekretaris I, bertanggungjawab terhadap semua kebijakan dan program Departemen Pendidikan, Departemen HUMASY, Departemen KAMTIB, dan Departemen Infokom.

Sedangkan Ketua II dengan dibantu oleh Sekretaris II bertanggungjawab terhadap kebijakan dan program Departemen Wirausaha, Departemen Sarana Prasarana dan Departemen Pelayanan Kesehatan dan Olahraga, Departemen Pengelola Aset, Departemen Ekonomi dan Koperasi.

4. PENGURUS BIDANG/DEPARTEMEN

Pengurus Departemen adalah ujung tombak bagi perkembangan yayasan. Selain sebagai pelaksana program yang telah digariskan, Pengurus Departemen juga dituntut berkreatifitas dengan daya inovasi yang tinggi guna menentukan berbagai program dan kebijakan yang diharapkan mampu melahirkan terobosan baru bagi pengembangan dan kemajuan masing-masing bidang.

Ada 9 departemen dalam struktur kepengurusan yayasan yaitu : Departemen Pendidikan dan Kepesantrenan, Departemen HUMASY, Departemen KAMTIB, Departemen Wirausaha, Departemen Sarana Prasarana dan Departemen Pelayanan Kesehatan dan Lingkungan Hidup, Departemen Infokom, Departemen Ekonomi dan Koperasi, dan Departemen Pengelola Asset.

STRUKTUR ORGANISASI
PONDOK PESANTREN BAHRUL ULUM TAMBAKBERAS JOMBANG

Gambar: Struktur organisasi pondok pesantren